Unter dem schwebenden Kubus des Innovation Centers befinden sich die Testhallen des Application Centers, welche gleichzeitig mit der Ausführung des Neubaus saniert und umgebaut wurden.
Insgesamt sechs Hallen sind durch einen Queranlieferungskorridor geteilt: die genannte «Magistrale». Jede Halle beinhaltet eine Nutzung, welche spezifische Anforderungen für eine geeignete Hygiene, Lüftung, Stromversorgung usw. der entsprechenden Maschinen erfüllen muss. Auf Grund dessen Anforderungen wurden zusätzliche Körper im Bühler-Campus integriert. Ein Beispiel ist die technische Dachzentrale, welche über die Hallen 5 und 6 neu gebaut wurde.
Die Hallen Pasta, Druckguss, Schokolade, Nutrition, sowie Farbe & Dispersion wurden zusammen mit der Magistrale und einem grossen Teil der Fassaden und Umgebung saniert. Die Umbau- und Sanierungsarbeiten haben mit den Hallen 4, 5 und 6 begonnen. Die unteren Geschosse des Innovation Centers dringen in diese Hallen des Application Centers ein und ermöglichen eine direkte Verbindung zwischen beiden Gebäuden und Nutzungen sowohl visuell, durch neue Glasöffnungen in den Wänden, als auch physisch, durch neue Türen und Passerellen zwischen beiden Gebäuden. Die Hallen 1, 2 wurden zusammen mit der Magistrale in der Phase 2 bearbeitet und umgesetzt.
